Organisasi Direktorat Kemitraan dan Relasi Global terdiri atas beberapa unit, yaitu Sekretariat, Subdirektorat Kerja Sama Dalam Negeri, Subdirektorat Kerja Sama Internasional, dan kelompok jabatan fungsional. Direktur direktorat ini dibantu oleh pejabat fungsional yang juga berada di bawah koordinasi Wakil Rektor Bidang Penelitian, Pengembangan Usaha, dan Kerja Sama.